El pendimethalin es un herbicida residual y selectivo (por posicionamiento) que se aplica en pre-emergencia de las malezas y es absorbida por las raíces y brotes de las plántulas emergentes, pero no se transloca con facilidad. Las regiones meristemáticas como los puntos de crecimiento de tallos y raíces son los más afectados. En las malezas de especies gramíneas los síntomas de daño incluyen acortamiento de coleoptilos, mientras que
las malezas de hoja ancha dañadas a menudo tienen hipocotilos hinchados. En pre-emergencia el pendimethalin causa, algunas veces, la formación de callos y tallos frágiles cerca de la superficie del suelo los cuales pueden romperse durante la estación de crecimiento. Tanto las malezas gramíneas como de hoja ancha pueden tener raíces secundarias cortas y gruesas. Como consecuencia, las malezas pueden estancar su crecimiento y
mostrar deficiencia de nutrientes o síntomas de sequía debido al pobre desarrollo del sistema radicular.